Η διαχείριση των νοσοκομειακών αποβλήτων που παράγονται σε επίπεδο χώρας εκτιμάται από το ΥΠΕΚΑ σε 14.000 τόνους ετησίως, από τα οποία το 53% παράγεται στην περιοχή της Αττικής και το 14% στην περιοχή της Θεσσαλονίκης. Η συλλογή και διαχείρισή τους αποτελεί σημαντικό πρόβλημα. Το 37% των νοσηλευτικών ιδρυμάτων διαθέτει κλίβανους για την αποτέφρωση των αποβλήτων αυτών, οι οποίοι όμως δεν διαθέτουν αντιρρυπαντική τεχνολογία, ενώ η πλειοψηφία τους είναι παλιάς τεχνολογίας και δεν λειτουργούν σωστά. Μάλιστα οι αποτεφρωτήρες αυτοί είναι σημαντικότατες πηγές έκλυσης διοξίνων.
Η ασφαλής διαχείριση των μολυσματικών νοσοκομειακών αποβλήτων μπορεί να γίνει με διάφορες τεχνολογίες αποστείρωσης και απολύμανσης, που παρέχουν ικανοποιητική καταστροφή των μολυσματικών και παθογόνων παραγόντων.
Το πιο σημαντικό στοιχείο για την ορθολογική διαχείριση των νοσοκομειακών απορριμμάτων είναι ο διαχωρισμός τους σε διάφορες ομάδες ανάλογα με τα χαρακτηριστικά τους. Στην πράξη ο διαχωρισμός των απορριμμάτων γίνεται ανάλογα με την προέλευση τους. Έτσι διακρίνονται στις ακόλουθες ομάδες: