Τα βιοκαύσιμα νέας γενιάς (βιοντίζελ, βιαιθανόλη, πράσινο ντίζελ, αέριο σύνθεσης, βιοαέριο, βιοϋδρογόνο, συνθετικά βιοκαύσιμα κ.ά.) παράγονται από απόβλητη, υπολειμματική και άλλη βιομάζα, με λιγότερα προβλήματα σε σχέση με τα βιοκαύσιμα πρώτης γενιάς, και μπορούν να υποκαταστήσουν τα συμβατικά καύσιμα σε μεγάλο ποσοστό.